Das imb wird von einem kollegialen Leitungsteam (Direktorium) wahrgenommen, das aus den Vertreterinnen der vier Professuren für Medienpädagogik, Digitale Medien und Kommunikationswissenschaft (Politische Kommunikation und Rezeption & Wirkung) sowie dem Leiter des Medienlabors besteht. Der geschäftsführende Direktor ist derzeit Herr Ulrich Fahrner.

Aufgabe der Leitung sind die zweckmäßige Verwendung der zur Verfügung stehenden Mittel, die Organisation, Koordinierung und zeitgemäße Weiterentwicklung des Instituts, die Gestaltung der wissenschaftlichen Ausrichtung der Forschungs- und Entwicklungsarbeit des Instituts sowie die Entwicklung von Medienprodukten und Herausgabe von Publikationen.